Il sistema agroalimentare moderno è caratterizzato da una certa complessità, dovuta alle modalità con le quali sono organizzati i sistemi di produzione in termini di numero di aziende coinvolte, passaggi economici e collocazione geografica. La globalizzazione dei commerci e la creazione di un mercato internazionale hanno portato da un lato una maggiore disponibilità di prodotti, dall'altro una maggiore difficoltà nel realizzare efficaci sistemi di tracciabilità e di controllo.
Anche oggi ci sono però casi in cui i sistemi sono semplici, o i prodotti vengono realizzati "in filiera", in cui tutti gli attori che ne fanno parte sono maggiormente integrati. È quindi possibile un controllo aggiuntivo, diretto e completo, dei sistemi di produzione agricoli e industriali da parte di chi ha la responsabilità del prodotto nei confronti del mercato.
In Italia, la gestione in filiera minimizza i rischi e semplifica la realizzazione di efficaci piani di controllo. I prodotti appartenenti a filiere controllate consentono una più agevole comprensione dei dati di qualità e sicurezza alimentare, generalmente più dettagliati rispetto alle prescrizioni minime di legge, un maggior controllo degli standard di prodotto rispetto alle aspettative del consumatore e una maggiore riconoscibilità tramite marchi dedicati. In Italia si stima che circa il 40% della carne bovina e di quella suina siano prodotte in filiera, mentre per la carne avicola la produzione in filiera è pressoché totale.
La filiera bovina è sicuramente quella in cui nel tempo i controlli si sono fatti via via più rigidi. In Europa l'indicazione dell'origine sull'etichetta è obbligatoria per le carni bovine e per i prodotti a base di carni bovine. In Italia, in particolare, a partire dal 2000 sono stati intensificati i provvedimenti normativi tra cui l'introduzione dell'anagrafe bovina, l'etichettatura obbligatoria della carne e il divieto di vendita, a partire dal 2001, di alcune parti anatomiche a rischio BSE, quali ad esempio la colonna vertebrale, il cervello ed alcuni tipi di "frattaglie".
Per quanto riguarda la filiera avicola, già a partire dal 2004 era possibile per un produttore scegliere di utilizzare un sistema di etichettatura volontaria delle carni per fornire al consumatore informazioni aggiuntive sulla carne acquistata (origine, sistema di allevamento e tipo di alimentazione), opzione scelta dalla quasi totalità dei produttori nazionali. E a partire dal dicembre 2014, questa etichettatura è diventata obbligatoria.
